内设办公室、归集科、支取科、信贷科、计划财务科、稽核科、信息中心、市区营业部八个科室。

下设义马、渑池、陕州、灵宝、卢氏五个管理部，以及义煤集团分中心。

三门峡市住房公积金管理中心于2002年10月正式成立。市住房公积金管理中心是根据国务院《住房公积金管理条例》和三门峡市机构编制委员会《关于成立三门峡市住房公积金管理中心的通知》设立，为直属市政府、不以营利为目的的正县级事业单位。承担本市住房公积金的管理运作，负责三门峡市住房公积金归集管理及公积金政策性贷款。